El presente artículo empírico tiene como finalidad estimar las diferencias salariales en el Ecuador a nivel de ciudades principales (Cuenca, Guayaquil y Quito) y por sectores económicos. Se ha evidenciado a lo largo de la literatura económica que existen diferencias en lo que corresponde el mercado laboral ecuatoriano, por ende, se plantea realizar un análisis entre los distintos sectores económicos para conocer los principales determinantes que se presentan en las brechas salariales territoriales. En el presente estudio se utilizará la metodología Fortín et al., (2018) para medir la contribución de variables individuales y productivas a las diferencias en el ingreso laboral. Dentro de los resultados principales se atribuye al factor educación y formalidad como los principales determinantes de las brechas salariales. A nivel de sectores, el sector agrícola tiene menores salarios justificado por el nivel de educación, formalidad y el tamaño de la empresa.